故事背景发生在不久的将来。此时超能力者的存在成为理所当然的事实，他们在在军事、外交、经济和色情等各个领域都掌握着未来竞争力的关键。然而他们与普通人之间的隔阂却未完全消失。年轻的天才科学家皆本光一，肩负起照顾拥有最强超能力的三名少女，明石熏、三宫紫穗、野上葵，她们不分日夜，在内务省特务机关的超能力支援研究局（通称BABEL）旗下从事着危险任务。皆本光一的任务就是引导她们走向正途，成为对社会有用的人才。但面对这三个超级早熟又任性的女孩，皆本每天都烦恼不已……椎名高志老师钜献，超能力少女养成喜剧闪亮登场！！