公元2000年，巨型隕石墜落南極，引致天災四起，世界人口因此銳減一半。事隔15年，即2015年，人類正值復興之時，一種不明來歷的巨大戰鬥生命體「使徒」再度出現，不斷向人類重鎮第三新東京市進行襲擊。人類迎使徒的唯一希望就是特務機關NERV開發的汎用人型決戰兵器「福音戰士」(EVANGELION)，但能勝任福音戰士駕駛員的人選，就只有幾個年僅十四歲的少年男女...